PT provjerava zahtjev za plaćanje predujma te donosi odluku o odobravanju ili odbijanju zahtjeva, u roku 10 (deset) radnih dana od dana njegova primitka kroz Sustav. Ako su u svrhu provođenja provjere potrebne dodatne informacije, PT zahtijeva njihovo dostavljanje u roku tri do 10 (deset) radnih dana. Rok u kojem Provedbeno tijelo ima pravo i obvezu provjeriti zahtjev za plaćanje predujma nastavlja teći nakon dostave zahtijevanih informacija, pri čemu se vrijeme proteklo do upućivanja zahtjeva za dostavljanjem dodatnih informacija, uračunava u ukupno trajanje roka. Rok za izvršenje plaćanja Korisniku je 15 (petnaest) dana od dana isteka roka za provjeru zahtjeva za predujam.

Korisnik mora podnositi Zahtjev za nadoknadom sredstava PT u roku od 15 (petnaest) dana od isteka svaka 3 (tri) mjeseca od sklapanja Ugovora. Ako razdoblje provedbe Projekta i razdoblje prihvatljivosti izdataka Projekta počinje prije stupanja Ugovora na snagu, prvi Zahtjev za nadoknadom sredstava Korisnik može dostaviti danom stupanja Ugovora na snagu pa sve do isteka prva tri (3) mjeseca od navedenog datuma. Troškove/izdatke navedene u zahtjevima za nadoknadu sredstava provjerava i potvrđuje ili odbija PT u roku 30 (trideset) dana od primitka tog zahtjeva. PT može zatražiti dodatne informacije od Korisnika u roku koji ne može biti kraći od 3 (tri) niti duži od 10 (deset) radnih dana. Ako Korisnik ne postupi u skladu sa zahtjevom u roku koji odredi PT i za to nema opravdano obrazloženje, predmetni troškovi se ne potvrđuju. Troškove/izdatke navedene u završnom zahtjevu za nadoknadu sredstava provjerava i potvrđuje PT u roku 60 (šezdeset) dana od dana njegovog primitka. PT može zatražiti dodatne informacije od Korisnika u roku koji ne može biti kraći od 3 (tri) niti duži od 10 (deset) radnih dana. Rok od 60 (šezdeset) dana nastavlja teći nakon primitka zatraženih informacija, pri čemu se vrijeme proteklo do podnošenja zahtjeva za dostavom informacija uračunava u ukupno trajanje roka u kojem se provjerava završni zahtjev za nadoknadu sredstava. Rok za izvršenje plaćanja Korisniku je 15 (petnaest) dana od dana isteka roka za provjeru zahtjeva za nadoknadu sredstava.

Sredstva se dodjeljuju metodom nadoknade što znači da trošak prvo mora biti plaćen kako bi korisnik mogao dobiti nadoknadu sredstava. Ipak, korisnik ima pravo podnijeti zahtjev za plaćanje predujma, a koji se pravda do kraja provedbe te se isti može „počistiti“ prilikom obrade zadnjeg ZNS-a uz uvjet da provedba projekta ide u skladu sa svim pravilima i da potencijal preostalih sredstava omogućava čišćenje predujma zadnjim ZNS-om.