Sukladno   poglavlju „Prihvatljive kategorije troškova“ UzP-a, okviru Potpora za inovacije procesa i organiziranje poslovanja prihvatljivi su troškovi instrumenata, opreme, zgrada i zemljišta, u opsegu i u razdoblju u kojem se upotrebljavaju za projekt.

Bez uvida u konkretnu prijavu, a u interesu jednakog postupanja, nadležno tijelo ne može dati prethodno mišljenje u svezi s prihvatljivošću prijavitelja, projekta ili određenih aktivnosti i troškova te ne može zamijeniti niti prejudicirati ishod pojedinih faza postupka dodjele kako su opisane u UzP-u. Slijedom navedenog, nadležno tijelo nije u mogućnosti odgovarati na pitanja koja zahtijevaju ocjenu prihvatljivosti konkretnog projekta, konkretnog prijavitelja, konkretnih aktivnosti, konkretnih troškova i slično.

Troškovi  se kvalificiraju kao prihvatljivi samo ako su izravno povezani s projektom. S obzirom na definicije iz čl. 2 (96) i (97), projekt u smislu čl. 29 GBER nije poslovanje u cjelini, već implementacija nove organizacijske metode ili nove ili značajno poboljšane metode proizvodnje ili isporuke. U skladu s člankom 29. stavkom 3. točkom (b), troškovi amortizacije za instrumente, zgrade itd. u svakom su slučaju prihvatljivi samo tijekom životnog vijeka projekta i u mjeri u kojoj se koristi za inovacijski projekt.

Amortizacija instrumenata i opreme nije prihvatljiva ukoliko je kupnja iste (su)financirana bespovratnim sredstvima iz bilo kojeg javnog izvora (uključujući iz EU, odnosno ESI fondova) niti će isti biti više od jednom (su)financirani nakon potencijalno uspješnog okončanja dvaju ili više postupaka dodjele bespovratnih sredstava.