Na stranici 96 Uputa za prijavitelje, 4.12. Prihvatljive kategorije troškova, vezano uz financiranje plaća u OIŠZ tekst kaže: „Trošak plaća postojećih zaposlenih osoba u OIŠZ koje se financiraju iz Državnog proračuna i/ili drugih javnih izvora, a koji je izračunat primjenom gore opisane metode, ne može biti financiran bespovratnim sredstvima već će isti biti prihvatljiv isključivo kao sufinanciranje partnera, dok za novozaposlene djelatnike intenzitet može iznositi do 100%. Plaće postojećih zaposlenika na razini svakog zasebnog partnera koji je OIŠZ, a vezano za aktivnosti i povezane troškove u okviru projektnog prijedloga koji se odnose na navedene partnere, u omjeru s bespovratnim sredstvima koja će im biti dodijeljena, trebaju činiti 15%“. Obzirom na strukturu financiranja velike većine OIŠZ u Republici Hrvatskoj, ovaj uvjet otežava aktivnije uključivanje i angažman značajnog broja iskusnih istraživača i znanstvenika s velikim iskustvom i mogućnostima doprinosa ovdje predviđenim aktivnostima i rezultatima, jer su ti kapaciteti već u sustavu Državnog proračuna (stalno zaposleno znanstveno i znanstveno-nastavno osoblje na teret MZO). Stoga se predlaže da se trošak plaća koje su financirane iz Državnog proračuna, barem u jednom dijelu prihvaća kao prihvatljiv trošak za bespovratno  sufinanciranje (npr. u slučaju prekovremenih sati ili do određenog % radnog vremena), jer angažman istraživača na ovakvim projektima instituciji predstavlja trošak u kontekstu drugih aktivnosti i obveza koje istraživači imaju u sklopu svog radnog mjesta, a Kolektivni ugovor za znanost i visoko obrazovanje jasno omogućava da se dodatni rad na znanstvenim aktivnostima adekvatno financijski valorizira.